CARRERA POLÍTICA

• En 1867, fue Diputado por Pichincha, concurrió al Congreso, obtuvo una de las dos vicepresidencias de esa Cámara. Al año siguiente fue reelecto.

• En 1871, viajó nuevamente a Inglaterra a negociar un reajuste de los intereses en mora con los tenedores de bonos de la deuda. Su actuación no agradó mucho en Quito y García Moreno exclamó: "Este Antonio es más pícaro que su padre..." luego cambió de parecer y pocos meses después lo envió de Ministro Plenipotenciario a los Estados Unidos. En 1.873 y de 40 años de edad, contrajo matrimonio en Washington con Leonor Ruiz de Apodaca, joven de 22, de la nobleza de la Habana.

• En 1875, ocurrió el asesinato de García Moreno. El encargado del poder, Dr. Francisco Javier León y Chiriboga, convocó a elecciones, y Flores fue candidatizado; entonces, se hallaba en el exterior, pero vino al país en unión de su esposa y una hijita y aunque su recibimiento fue hostil, varias familias los atendieron y menudearon los convites, no faltando algunos chuscos que lo motejaron de "doctor tente en pie" por su costumbre de levantarse varias veces sobre las puntas de ellos cuando hablaba en público. Su arribo coincidió con el carnaval y recibió varios baños de agua que soportó por educación. Luego pasaron a su hacienda "Elvira" cerca de Babahoyo, donde vivieron unas idílicas vacaciones. Desde allí siguieron por el antiguo camino real a Quito, recibiendo rechiflas a porfía.

• Instalado en casa de su madre publicó su Plan de Gobierno, duramente criticado por los garcianos, que lo acusaron de proliberal y de católico desteñido. Mientras tanto, su esposa había alumbrado una segunda niñita y cayó enferma con infección puerperal. Flores se angustió, pues no tenía tiempo para aventuras políticas y envió su renuncia a Juan León Mera, que la guardó sin darla a conocer. El 11 de octubre de 1876, murió su esposa y poco después fue derrotado por Antonio Borrero.

• El 11 de diciembre de 1877, fue allanado su domicilio y conducido a prisión por orden del Presidente Ignacio de Veintemilla debido a sus vinculaciones con elementos conservadores, pero a los cuatro días logró evadirse y buscó asilo en la Legación francesa. Para enero de 1878, estaba radicado en Nueva York con sus hijas. En 1881, trabajaba de abogado.                                                                                                     
• En 1885, suscribió con España un Convenio de Paz y Amistad y obtuvo la venida de los salesianos y de otras comunidades religiosas